Em outro manuscrito não datado, Bonifácio propôs a exploração de lugares em São Paulo que ainda deveriam ser examinados para a confirmação ou não da existência de materiais minerais. Trata-se de uma enumeração de locais de registros de ocorrências minerais a serem chegados. Como diversos desses lugares foram percorridos durante a viagem mineralógica, essas anotações podem sugerir tanto um possível roteiro anterior à viagem, como locais a serem mais bem examinados na volta:

1° - O morro de Sabaoth, que fica a léguas de Pernaíba, onde dizem haver ouro.
2° - Os morros do Taboão, na correnteza do Japi, onde há informações de ouro, como as da Fazenda do Leite, e de Pununduva.
3° - Os Taboleiros, que acompanham as margens do Tietê desde o Salto de Itú até o Rasgão, que dizem ter muito ouro, assim como o há no veio d´água em toda a volta do Rasgão, e ainda em Pirapora 2 léguas de Parnaíba, de baixo de pedregulho, quando o rio vai seco.
4° - Há uma formação de xisto carbônico combustível nas vizinhanças do morro do ferro; e o chamado breu em Jundiaí, descoberto pelo chamado Raimundinho (Deve ser na vasta formação de pedra arenosa).
5° - No distrito de Araçariguama na Fazenda da terra baixa dizem haver umas lavras, onde se tirou 2 arrobas de ouro em um veio ou beta: de que pode informar o sertanista João de Deus, prático daqueles sertões.
6° - Indo de Sorocaba para São Roque passa-se pelos campos do Paretojo, onde dizem haver ouro.
7° - A 2 léguas de Sorocaba caminho de São Roque fica o Ribeirão de Ynhuaiba, que faz barra no Piragebú, em um ribeirão cabeceiras do Pirajebu há ouro grosso.
8° - No Sertão da Freguesia de Una, a que fica de Sorocaba 4 léguas rumo de sudeste, dirigindo-se para o morro do Vutucacuru no lugar chamado Cabeceira tirou ouro Joaquim deste.
9° - 3 léguas de Sorocaba no lugar chamado de Itacolomi há ouro no córrego de Jurupará; assim como no ribeiro de Itacolomi.
10° - Examinar as formações desde o rio de São Lourenço para a serra de Vatucavuru, nos córregos, e taboleiros, que todos pintam ouro.
11° - Examinar o morro célebre do Tayó, que fica na altura de Santa Catarina - este morro frontea o rio das Maroíbas.
12° - Examinar o distrito de Tibagy, principalmente os dois córregos chamados de São Domingos e Santa Rosa, que fazem barra no rio Tibagy.
13° - Descobrir as antigas minas de ouro de São Thiago e Santa Cruz na Serra de Paranapiacaba, a 4 ou 5 léguas do mar, na maior altura da Serra (talvez sejam as que ficam além de Santo Amaro, adiante da Aldeia de Tapessirica) não estas são as dos Guarumumis as procuradas nas serras de Paranaguá e Iguape.
14° - As lavras da Serra dos Guaramumis, ou Guaimumis 2 léguas além do Jaraguá, ou 6 ou 7 de São Paulo para o norte (t. para Mogi das Cruzes).
15° - As de Punta cativa 30 léguas de São Paulo para o sul (talvez no distrito de Itapetininga).
16° - Examinas as formações auríferas da Serra de Biralloyavo, ou do morro do ferro.
17° - Examinar as abundantes minas de ferro e estanho, de que fala Raynal, que se acham a 4 léguas de Sorocaba, nas serras que correm entre os Rios Tietê e Mogi Guaçu (são as de Araçoiaba).
18° - Examinas os córregos e seus taboleiros na picada que vai de São Paulo para São Sebastião e Rio de Janeiro e o lugar chamado Pinga-Pingue onde há diamantes.
19° - Examinar a Serra de Jaguamimbeva, que talvez seja na Cadeia do Japi.
20° - Examinas o Rio das Almas e o Taubaté, e nos córregos que são auríferas.
21° - Examinar a antiga lavra de Rio Grande adiante da Freguesia de Itapetininga na Fazenda do Capitão-mór de Sorocaba, donde João de Almeida, o Manco e outro tiraram ouro.
22° - No Rio Pirahy de baixo do salto e pouco acima dizem haver ouro.
23° - O ouro que há nas lavras velhas do caminho de São Paulo para Mogi das Cruzes.
24° - Examinar um córrego, que nasce na Tapera de João Moreira, e vai desaguar no Rio Sorocaba, donde dizem que tirara azougue F. Teixeira. Este córrego corre vizinho aos dois buracos da prata nas Fraldas da Serra de São Francisco, no bairro de Itapeva de Sorocaba, donde de um pequeno socavão se tirou uma pedra, que deu 6 oitavas de prata (ou se estanho?) (examinei, não mostra nada).
25° - Examinar quais eram as minas de Mutinga, de que fala Laet, donde os moradores de São Vicente tiravam ouro, que apressou Flibustier Candih. [Páginas 223 e 224]