Após a destruição da redução de Santa Tereza, Baltazar e André retornam, em novembro de 1639, a São Paulo, ocasião em que já está a caminho da expedição de Fernão Dias Paes e do seu irmão, Pascoal Leite Paes, que vai atacar as reduções dos Apóstolos (Caaçapaguassu), quando, pela primeira vez, os paulistas são derrotados. É nesse combate, que morre o padre, atingido por um tiro no olho.