Desavieram-se aí o piloto-mor e o capitão Salazar, e sendo eleito Hernando de Trejo chefe da expedição, retiraram-se para São Vicente vários componentes da armada. Trejo, compreendendo a necessidade que se fazia sentir de uma povoação que fosse escala, na costa do Brasil, para atingir Assunção, indo ao porto de São Francisco ali lançou, em 1553, os fundamentos de uma cidade. Estabelecendo-se aí, casou com D. Maria de Sanábria, viúva de João de Sanábria, nascendo em, território brasileiro, desse matrimónio, Dom Frei Hernando de Trejo, que foi bispo de Tucumã e fundador da sua Universidade.
Não faltaram trabalhos e misérias naquela incipiente fundação e Trejo, atendendo a rogos insistentes de sua mulher, resolveu abandonar a povoação, seguindo por terra para o Paraguai. Depois de trabalhos sem conto e duros meses de largas provações, em que morreram de fome 32 soldados que se perderam, chegou Hernando de Trejo a Assunção, onde o general Domingos de Irala, nomeado governador do Rio da Prata, o conservou preso por largo tempo, por ter abandonado o porto de São Francisco, que fundara, e que tão necessário se tornava para as entradas, por terra, no Paraguai.
O capitão João de Salazar, que fora para São Vicente, havia casado com D. Elvira de Contreras, filha do capitão Becerra, e aí se encontrou com o capitão João Diaz de Melgarejo, com quem concertou voltar a Assunção.
Fizera Salazar, na vila de Martim Afonso, boas relações de amizade com os moradores, insinuando a muitos deles as vantagens que teriam passando com famílias e bens à cidade de Assunção. E tal foi a propaganda e a retirada de povoadores para o Paraguai que o P. Manuel de Nóbrega, temendo o despovoamento da capitania de São Vicente, "pela pouca conta e cuidado que el-rei e Martim Afonso de Sousa têm, e se vão lá passando ao Paraguai pouco a pouco", diz que "seria bom ter a Companhia lá um ninho onde se recolhesse quando de todo São Vicente se despovoasse".
Além disto, estando lá os da Companhia se apagariam alguns escândalos que os castelhanos têm dos portugueses, e a meu parecer com muita razão, porque usaram mui mal com uns que vieram a São Vicente, que se perderam de uma armada do Rio da Prata. Entre as pessoas que se ligam a Salazar contam-se os irmãos Cipião e Vicente de Góis, oriundos de troncos ilustres de povoadores vicentinos, filhos de Luís de Góis fidalgo da Casa Real, irmão de Pedro de Góis, que foi donatário da capitania de São Tomé e capitão-mor de uma armada que, em Fevereiro de 1553, estava surta no porto de Santos.
