Lapa significa gruta ou caverna na encosta das montanhas, coberta por uma grande pedra.

A primeira notícia sobre a região data de 1561, quando os jesuítas receberam uma sesmaria próxima ao rio Embiaçaba, hoje chamado Pinheiros. Emboaçava, nome que designou o local durante três séculos, era um povoado disperso formado por sítios e fazendas a partir da construção de uma fortaleza em 1590 para a defesa da Vila de São Paulo. Essa escassez de moradores durou muitos anos e em 1765 a região continha apenas cinco casas e trinta e um habitantes.

Em 1805, com o aumento da produção de cana de açúcar, o movimento das tropas da rota que ligava a Vila de Itu a São Paulo e litoral foi desviado em razão das péssimas condições da ponte sobre o Rio Pinheiros, sendo então aproveitado o sítio do Coronel Anastácio de Freitas Troncoso, onde hoje se encontra a Vila do Anastácio. Outro ponto importante para o crescimento da região foi o desenvolvimento de olarias nas margens do Rio Tietê, em meados do século 19.

Em 1867 foi inaugurada a estrada de ferro Santos-Jundiaí, incentivando o aparecimento das primeiras indústrias, como a Vidraria Santa Marina, que atraiu muitos imigrantes italianos e franceses. Em 1915 a Lapa já contava com uma boa infra-estrutura e a partir do final da I Guerra Mundial surgiram novos loteamentos e vilas como Anastácio e Ipojuca que foram sendo ocupadas. Em 1942 foi criada a Rodovia Anhangüera que incentivou a criação do Mercado Municipal em 1954, do Ceasa em 1966 e do segundo shopping Center do Município em 1968.

A Lapa vem, nos últimos anos, confirmando sua posição de bairro moderno e urbano, principalmente depois da implantação do Terminal Intermodal da Barra Funda e do Terminal Lapa.

O Bairro da Lapa possui duas bibliotecas municipais, a Biblioteca Mário Schenberg e o Espaço de Leitura Cecília Meireles.