Segundo os relatos da batalha, Sebastião, lutando valentemente, com armadura formidável, se lançava em meio aos mouros, combatendo os muçulmanos em sua cruzada no norte africano. No entanto, o Rei, após horas de combate, simplesmente desapareceu. Os nobres com que ele combatia o perderam de vista e a formação, com o passar das horas, acabou por ruir.

Após o fim da batalha procuraram pelo cadáver do Rei, sem que, no entanto, ninguém o encontrasse. De fato, com dezenas de milhares corpos nus, após terem sido roubados, mutilados, decepados e dilacerados, era difícil a identificação do Rei, até porque, por mais que D. Sebastião fosse loiro, quase ruivo, em seu exército combatiam também milhares de alemães e belgas.

Até que, um dos guias portugueses encaminha o provável cadáver de D. Sebastião. Um cadáver irreconhecível. Os portugueses demoraram dois dias para conseguir localizar o corpo e após tanto tempo, o cadáver fedia e estava inchado a ponto de desfigurar completamente a pessoa quando (...) Além disso, o reconhecimento foi feito a noite, á luz de velas e após reconhecerem o rei, os nobres o colocaram numa esteira de madeira e o puseram do lado de fora da tenda, nu, da mesma forma como veio. Após isso, o corpo foi trasladado para Ceuta e depois para Lisboa, onde foi finalmente sepultado.

Existem muitas teorias de qual forma faleceu D. Sebastião, numa delas, o Rei teria se entregado, mas dado que os marroquinos queriam espoliar o ouro de sua armadura, acabaram por despir o Rei, e sendo o Rei extremamente casto e beato, não permitiria que ninguém o despisse e acabou resistindo e foi acidentalmente morto pelos marroquinos.

Em outra teoria o Rei teria se rendido e com grupos mouros disputando quem o tinha prendido, acabaram o matando. Mas o fato é que ninguém ao certo viu como o Rei morreu. Segundo José Hermano Saraiva, isso dava em decorrência de que, dizer que viu o Rei morrer, sem fazer nada e sem morrer com ele, era uma desonra, assim os nobres preferiam dizer que não o teriam visto morrer.

Mas, haviam 3 testemunhas que afirmavam também que o viram partir do campo de batalha: Luiz de Brito, Jorge de Albuquerque e Sebastião Figueira.

Luiz de Brito afirmou que no final da batalha viu o Rei saindo do campo de batalha sozinho, sem ninguém o seguindo, dirigindo-se na direção do rio, uma direção bem diferente do lugar onde depois foi encontrado o cadáver. E está terá sido a última vez que o viu. Essa também foi a versão de Jorge de Albuquerque. Já Sebastião Figueira disse que acompanhou o Rei quando saiu do campo de batalha, mas o deixou de ver, o Rei tinha desaparecido. Assim o Rei não teria morrido em Alcácer-Quibir.