Em 13 de maio de 1640, a bula de Maffeo Barberini, Papa Urbano VIII, 235° Papa da Igreja Católica, que proibia o cativeiro dos índios, também fora publicado em Santos, provocando reações.

Diante de motins contra a Companhia de Jesus que se levantaram na vila, a sua Câmara convocou, como cabeça daquela capitania, todas as demais vilas e povos e ajuntou cortes, por seus precatórios, para nelas determinarem o que se havia de fazer contra a Companhia e contra a mesma bula.

Em dia de São João Batista, concorreram por seus procuradores, as vilas do Conde de Monsanto e dacondessa do Vimieiro, que por todos são dez.

A vila de São Paulo enviou os procuradores Francisco Rodrigues da Guerra e João Fernandes Saavedra Castelhano;

A vila de Mogi Mirim enviou a José Preto; a vila de Parnaíba enviou a Balthazar Fernandes;

A vila de Santos, a Lucas de Freitas e FranciscoPinheiro Pais; as vilas da condessa, a Vasco Mota;

A vila de Iguape enviou seu procurador; enquanto a própria vila de São Vicente nomeou outros dois, chamados Antônio Vieira e outro.

Reunidos na casa do conselho, esses dez procuradores ali permaneceram, em junta, por três dias.

Ao final do terceiro, deliberaram que “se botassem fora de toda a capitania aos padres da Companhia de Jesus, porque se vendo intimidados e oprimidos, com o desejo de restituir-se em suas casas e colégio, conseguiriam de Sua Santidade a suspensão da bula e de Sua Majestade o acordo para o cativeiro indígena”.

Todas as Câmaras da região deviam cumprir o prazo final, escolhido o dia 30 de junhode 1640 para que aquela decisão fosse cumprida.

Ao padre jesuíta Jacinto de Carvalhais notificou-se o despejo da Companhia, por ter constituído dano ao povo, enquanto os agentes propulsores da bula papal.