Em 1834, denunciado como rebelde e acusado de manter entendimentos secretos com Juan Antonio Lavalleja para a separação do Rio Grande do Sul, foi chamado à Corte, junto com João Manuel de Lima e Silva (tio do futuro Duque de Caxias).

Defendeu-se perante o ministro da Guerra, foi absolvido e teve recepção triunfal no regresso à província. Os conservadores, no entanto, conseguiram a destituição de Bento Gonçalves do comando militar da Província do Rio Grande.