Uma de suas obras serviu como base para definir as cores e formas geométricas da atual bandeira do Brasil, adotada em 19 de novembro de 1889Na manhã do dia 19 de novembro, o marechal recebia em sua casa alguns republicanos, liderados por Lopes Trovão, os quais iam submeter, já como fato consumado, à sua apreciação, o projeto da nova bandeira do Brasil. Deodoro, porém, desejava manter a antiga Bandeira Imperial, dela retirando apenas a coroa,[31] e considerou a bandeira que lhe fora apresentada por Lopes Trovão como um arremedo grosseiro da bandeira dos Estados Unidos.[32][33] Os republicanos insistiram que só restava a Deodoro oficializar a bandeira por eles apresentada, pois a mesma já tremulava em alto-mar, no mastro do Alagoas, navio que conduzia o imperador deportado ao exílio.[30][31] Irritado, o marechal deu um soco na mesa, exclamando: Senhores, mudamos o regime, não a Pátria! Nossa bandeira é reconhecidamente bela e não vamos mudá-la de maneira nenhuma![34][35]

Chefe do Governo Provisório – Marechal Manuel Deodoro da Fonseca – 1889–1891
Ministro da Justiça – Manuel Ferraz de Campos Sales – 1889–1891
Henrique Pereira de Lucena, Barão de Lucena – 1891
Ministro da Marinha – Vice-Almirante Eduardo Wandenkolk – 1889–1891
Contra-Almirante Fortunato Foster Vidal 1891
Ministro da Guerra Ten.-Cel. Benjamin Constant Botelho de Magalhães 1889–1890
Marechal Floriano Vieira Peixoto 1890–1891
General Antonio Nicolau Falcão da Frota 1891
Ministro dos Negócios Estrangeiros Quintino Antonio Ferreira de Sousa Bocaiúva 1889–1891
Ministro da Fazenda Rui Barbosa 1889–1891
Tristão de Alencar Araripe 1891
Ministro do Interior Aristides da Silveira Lobo 1889–1890
José Cesário de Faria Alvim 1890–1891
Tristão de Alencar Araripe 1891
Ministro da Agricultura,
Comércio e Obras Públicas Demétrio Nunes Ribeiro 1889–1890
Francisco Glicério de Cerqueira Leite 1890–1891
Henrique Pereira de Lucena, Barão de Lucena 1891
Ministro da Instrução Pública,
Correios e Telégrafos Ten.-Cel. Benjamin Constant Botelho de Magalhães 1890–1891