Em abril de 1892 decretou estado de sítio, após manifestações de opositores e divulgação de manifestos na Capital Federal. Prendeu os manifestantes e desterrou outros para a Amazônia. Quando Rui Barbosa ingressou com habeas corpus no Supremo Tribunal Federal em favor dos detidos, Floriano Peixoto ameaçou os ministros da Suprema Corte: “Se os juízes concederem habeas corpus aos políticos, eu não sei quem amanhã lhes dará o habeas corpus de que, por sua vez, necessitarão”. O STF negou o habeas corpus por dez votos a um.