Parece que a antiga aldeia de Ururay, de 1531, fôra fracionada em duas, logo que João Ramalho edificou a vila de Santo André e que os padres da Companhia de Jesus, fazendo demolir esta, fundaram a de São Paulo, 1554-1560; pois o título da sesmaria de 12 de outubro de 1580 os pressupõe já estabelecidos nos dois lugares, Pinheiros e São Miguel. E tanto mais provável é isso, quanto é sabido o costume dos nativos de não manterem suas aldeias muitos anos no mesmo lugar. [“Algumas notas genealógicas: livro de família: Portugal, Hespanha, Flandres-Brabante, Brazil, São Paulo-Maranhão: séculos XVI-XIX”, 1886. João Mendes de Almeida. Página 330]

Em 1554, acompanhou Manuel da Nóbrega e Anchieta na obra da fundação de São Paulo e estabeleceu-se no local onde hoje se encontra o Mosteiro de São Bento, espalhando seus índios pelas imediações. A atual rua de São Bento era, por esse motivo, chamada, primitivamente, Martim Afonso (nome em que fora batizado o cacique). No seguimento da sua ação missionária, participou da fundação, no planalto de Piratininga, do Colégio de São Paulo, um colégio de jesuítas do qual foi regente, embrião da cidade de São Paulo, junto com outros padres da Companhia, em 25 de janeiro de 1554, recebendo este nome por ser a data em que se comemora a conversão do Apóstolo São Paulo. Esta povoação contava, no primeiro ano da sua existência com 130 pessoas, das quais 36 haviam recebido o batismo.[1]

Em S. Paulo, viveu de negócios e como agricultor, na posse de várias sortes de terras. Esteve em entradas do sertão e ajudou com seus administrados ao Padre José de Anchieta na abertura do caminho de S. Pauloa Santos. Antes do final do século, descobriu com o filho Afonso Sardinha, o moço, diversas minas em São Paulo (RGCSP, I, 123/125).[2]

O antigo acordo de Martim Affonso de Sousa com os tupis, de que os portugueses não subiriam para o planalto, facilitou o estabelecimento pacífico das povoações de São Vicente, Santos e Itanhaém. Mas em 1554, os portugueses romperam o acordo com Piqueroby, subiram a Serra do Mar, e fundaram a vila de São Paulo. [2]

E pode-se dizer que o grande ciclo luso-paulista se inicia com a abertura de uma nova picada na Serra do Mar, entre São Vicente e o planalto, na qual já trabalha também o destemido Affonso Sardinha, a colaborar com os jesuíta: é o Caminho de Anchieta.

Instalados na Piratininga, por ordem do padre Manoel da Nóbrega, os jesuítas recebem um apoio de grande relevância: o suporte de Affonso Sardinha, que o dá a outras congregações vaticanas, numa espécie de "mão aberta" incomum, mas que é para ele mesmo de grande valia logística no sonho de chegar às minas dos metais preciosos que tanto escuta nos falares dos nativos.

Assim, a expansão jesuítica na Capitania de São Vicente é feita a par da expansão dos negócios da Família Sardinha, principalmente a de mineração em sociedade com Clemente Álvares, pois, no final do século XVI, Affonso já põe o filho mameluco, dito o Moço, a representá-lo em algumas empreitadas e o acompanha - aliás, a quem repassa a arte da mineração contrariando os seus pares da Câmara municipal paulistana, que haviam determinado que os colonos não poderiam ensinar aos mamelucos (filhos de brancos com nativas) as artes de fabricar peças metálicas, para que essa não chegassem às mãos dos escravizados... [História de Carapicuíba, 25.03.2013. João Barcellos. Página 12]